2003年堪稱是中文大學史上最艱難卻又最光榮的一年。在2002年末至2003年夏天，華南和香港爆發沙士（嚴重急性呼吸道綜合症），幾乎成為大型疫症。大學的前線醫護專業人員以勇氣和無私的精神力抗這種當時沒人知其底細的險惡病症，靠著努力、遠見和樂觀，打贏了這一仗。在恢復元氣之餘，中大在這十年的中段時間，為未來發展制訂長遠計劃，包括籌建新書院，以及其他為2012年9月恢復四年學制所需的設施。

劉遵義教授在2004年接替退休的金耀基教授，出任中大校長，在往後幾年推出一系列策略性、重點研究資助和其他大學發展計劃。一直以雙語傳統為榮的中文大學，在這時期將這個傳統轉化為錄取學生和學術交流的新方向，積極招收香港境外的學生，包括向中國大陸龐大的人才資源招手。

在2005年，中大成立法律學院，成為香港法律教育的新力軍。隨著學院的地位提升，它在2008年由School of Law升格為Faculty of Law。法律學院著重獨立研究，並藉著令學生認識香港、內地、亞太區和世界其他地方的不同法律傳統，協助他們培養廣闊的視野。

大學由2006年起開始成立新的書院，以預備在2012年容納額外三千名本科學生。加入中大這個獨特書院制大家庭的新成員分別是：晨興、善衡、敬文、伍宜孫及和聲五所。這些書院均設有宿舍，透過密切的師生接觸和各種服務和體驗學習，秉持和提升中大素來重視的全人教育傳統。

在2008年，大學教育資助委員會（教資會）的質素保證局完成對中大的首個質素核證。該局對中大為學生提供的優質學習經驗、高水平的學術支援和關顧輔導，以及相關的質素保證機制等，給予十一項讚揚和八項贊同。此外，教資會在2011年開設「教資會傑出教學獎」，連續兩年頒發給中大教師，這是對本校教學隊伍專業和奉獻精神的進一步肯定。

在過去十年，大學成員繼續大力協助世界各地的天災受害者。例如，2008年5月四川省發生大地震，幾萬人罹難，中大馬上發動募款和動員人手協助賑災。除了踴躍捐款之外，員工運用自己的專門知識，為有需要的人提供醫療和輔導服務。這些救災活動有的延續至今天。2011年3月，日本東北部發生大地震及海潚，災況瘡痍，大學成員也感同身受，迅速及積極伸出援手。

2009年10月，前中大校長高錕教授獲頒諾貝爾物理學獎。高教授發明光纖，為通訊科技的發展帶來大變革，並根本改變了人類互相聯繫的方式，這次獲獎是對他劃時代貢獻榮耀的肯定。高教授伉儷其後把諾貝爾獎的獎牌捐贈中大。同年，建築學院和生物醫學學院成立。

在2010年，劉遵義教授退休，沈祖堯教授成為中大第七位校長，帶領大學邁向在教育和學術發展更上層樓的新時代。中大的教學酒店在2011年開幕，為香港酒店和旅遊管理教育掀開新一頁。這個極具雄心的教學酒店計劃，由香港沙田凱悅酒店和鄭裕彤樓組成，為工商管理學院的酒店及旅遊管理學院提供了最先進的實習、教學和研究設施。

中大在2012年推出博群計劃，協調和支持中大人服務本地和世界其他地方有需要的人。此計劃旨在培養師生的社會意識和服務文化，師生可以直接提供服務，也可以與社會企業合作。

在2012年9月，所有本地大學實行四年本科學制，香港教育制度完成了徹底變革。中大自創校實行四年制至1994年，然而這次轉變不只是恢復這個經得起時間考驗的傳統。新的課程更加豐富充實，著重培養人文視野和價值觀，以及發展核心能力，應付這個瞬息萬變的社會。在建設方面，在改變校園景觀時，必經過小心考量，平衡實用需要和環境保護。為應付學生人數增加而興建的新建築物和設施，均按計劃如期完成，標誌著大學教育新紀元的開始。

十年前中大四十周年之際，由於集中全力對抗沙士，慶祝活動暫停，直至2003年底疫情減退，社會開始復元，大學才恢復校慶活動。事後看來，可以說經歷試煉和磨難後的中文大學，睿智穩健，卓越出色，更勝從前。因此，這個十年結束之際，也預示中大擁有了在未來更上層樓、成就偉業的條件，由此邁入充滿慶典盛事和繽紛活動的2013年，讓歡欣鼓舞的中大成員聚首一堂。