為配合本港推行「3+3+4」新學制，理學院將於2012至13學年全面革新本科課程，其中十一個主修課程將採用大類收生計劃。學院同時推出地球系統科學和數學精研兩個嶄新課程。地球系統科學課程是跨學科主修課程，讓學生學習和研究地球系統的運作。數學精研課程則為希望學習較深入數學理論或有興趣從事數學研究的學生而設。